地域金融機関の歴史は古く、日本においては江戸時代から存在していました。江戸時代には、地方の豪商や富裕層が貸し手となり、地元の商人や農民に融資を行うことが一般的でした。また、明治時代に入り、地方銀行や信用組合などが設立され、地域金融機関の基礎が整えられました。
戦後、地域金融機関は、地域経済を支える役割を果たすことが期待され、地方銀行や信用金庫が全国的に展開されるようになりました。また、農林中央金庫も設立され、農業の発展に貢献しています。
1990年代以降、金融自由化が進み、地域金融機関も大手銀行と同様に、業務領域や経営手法の多様化が進んでいます。しかし、地域金融機関は、地域経済の支援や地域貢献活動を通じて、地域社会に根ざした存在としての役割を果たし続けています。